ระบบที่ใช้พืชและหญ้ากรองน้ำเสีย ได้แก่ หญ้าสตาร์ หญ้าคาลล่า หญ้าโดสครอส และพืชอื่น ๆ เช่น ธูปฤาษี กกกลม หญ้าแฝก พุทธรักษา เป็นตัวกรอง โดยให้น้ำเสียไหลเข้าแปลงพืชที่ระดับความสูง 30 ซม.จากผิวดิน ใช้เวลากักขังน้ำเสียไว้ 5 วัน และปล่อยทิ้งไว้ให้แห้ง 2 วัน เพื่อให้จุลินทรีย์ทำหน้าที่ย่อยสลายสิ่งสกปรกที่มากับน้ำเสียเปลี่ยนไปเป็นธาตุอาหารแกพืช ส่วนในช่วงที่ปล่อยแปลงแห้งเป็นการเพิ่มออกซิเจนในช่องว่างของดินเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการรับน้ำเสียรอบถัดไป และต้องมีการตัดหญ้ามีอายุครบ 45 วัน ส่วนพืชอื่นๆ 60 วัน ยกเว้นธูปฤาษี ที่ระยะเวลา 90 วัน เพื่อเป็นการเพิ่มประสิทธิภาพน้ำการบำบัดน้ำเสีย

ระบบพื้นที่ชุ่มน้ำเทียมใช้กลไกการบำบัดเช่นเดียวกับระบบพืชและหญ้ากรองน้ำเสีย แตกต่างกันที่วิธีการปล่อยน้ำเสียเข้าแปลงพืชที่ระดับความสูง 30 ซม. จากผิวดิน และปล่อยให้น้ำเสียไหลแบบต่อเนื่อง โดยมีระยะเวลากักพักน้ำอย่างน้อย 1 วัน โดยอัตราการไหลของน้ำเสียเท่ากับปริมาณน้ำเสียใหม่ที่สามารถผลักดันไล่น้ำเสียเก่าและต้องมีการตัดพืชออกจากแปลงเช่นเดียวกัน

ระบบนี้จะให้น้ำทะเลไหลเข้าสู่แปลงป่าชายเลนในช่วงที่น้ำขึ้นสูงสุดในรอบวัน และปิดประตูระบายน้ำเพื่อขังน้ำทะเลไว้ แล้วปล่อยน้ำเสียเข้าไปในแปลงในอัตราส่วน 1 ต่อ 1 (น้ำเสีย 1 ส่วน ต่อน้ำทะเล 1 ส่วน) วิธีนี้เป็นกระบวนการที่อาศัยการขึ้นลงของน้ำทะเลธรรมชาติ การเจือจาง การเร่งการตกตะกอน พืชจะช่วยในการดูดสารอาหารจากการย่อยสลายสารอินทรีย์ของจุลินทรีย์ที่อยู่ทั้งในน้ำและในดิน

ระบบบ่อบำบัดน้ำเสีย ประกอบด้วย บ่อตกตะกอน จำนวน 1 บ่อ บ่อผึ่ง จำนวน 3 บ่อ และบ่อปรับสภาพ จำนวน 1 บ่อ เป็นระบบที่อาศัยสายลมและแสงแดด ร่วมกับการกักพักของน้ำเสีย ซึ่งทำให้เกิดแพลงก์ตอนพืช และสาหร่ายสีเขียว ที่ช่วยเพิ่มออกซิเจนในน้ำเสีย เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการย่อยสลายของสารอินทรีย์ด้วยจุลินทรีย์ ระบบดังกล่าวในแต่ละบ่อใช้เวลากักพัก 7 วัน โดยในบ่อบำบัดน้ำเสียจะต้องควบคุมจำนวนแพลงก์ตอนพืชและสาหร่ายสีเขียวขนาดเล็กด้วยการเลี้ยงปลากินพืชในอัตราส่วนปลา 4 ตัวต่อพื้นที่ผิวน้ำ 1 ตารางเมตร ปลาที่สามารถเลี้ยงในบ่อบำบัด เช่น ปลานิล ปลายี่สกเทศ ปลาตะเพียนขาว ปลาทับทิม เป็นต้น ปลากินพืชเหล่านี้จะทำหน้าที่กินสาหร่ายสีเขียวในบ่อบำบัด โดยไม่จำเป็นต้องให้อาหารแก่ปลา และควรมีการจับปลาที่เจริญเติบโตเต็มที่ออกจากระบบบำบัดน้ำเสียทุก 6 เดือน เพื่อลดความหนาแน่นของปลาและคงความสมดุลของอัตราส่วนของปลาต่ออาหารภายในบ่อบำบัด