ระบบบ่อบำบัดน้ำเสีย ประกอบด้วย บ่อตกตะกอน จำนวน 1 บ่อ บ่อผึ่ง จำนวน 3 บ่อ และบ่อปรับสภาพ จำนวน 1 บ่อ เป็นระบบที่อาศัยสายลมและแสงแดด ร่วมกับการกักพักของน้ำเสีย ซึ่งทำให้เกิดแพลงก์ตอนพืช และสาหร่ายสีเขียว ที่ช่วยเพิ่มออกซิเจนในน้ำเสีย เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการย่อยสลายของสารอินทรีย์ด้วยจุลินทรีย์ ระบบดังกล่าวในแต่ละบ่อใช้เวลากักพัก 7 วัน โดยในบ่อบำบัดน้ำเสียจะต้องควบคุมจำนวนแพลงก์ตอนพืชและสาหร่ายสีเขียวขนาดเล็กด้วยการเลี้ยงปลากินพืชในอัตราส่วนปลา 4 ตัวต่อพื้นที่ผิวน้ำ 1 ตารางเมตร ปลาที่สามารถเลี้ยงในบ่อบำบัด เช่น ปลานิล ปลายี่สกเทศ ปลาตะเพียนขาว ปลาทับทิม เป็นต้น ปลากินพืชเหล่านี้จะทำหน้าที่กินสาหร่ายสีเขียวในบ่อบำบัด โดยไม่จำเป็นต้องให้อาหารแก่ปลา และควรมีการจับปลาที่เจริญเติบโตเต็มที่ออกจากระบบบำบัดน้ำเสียทุก 6 เดือน เพื่อลดความหนาแน่นของปลาและคงความสมดุลของอัตราส่วนของปลาต่ออาหารภายในบ่อบำบัด